独自に通話アプリを開発し接続することはできますか？

はい、特に制限はございません。

ドメイン、SIPアカウント、SIPアカウントパスワードを 設定できる通話アプリを自由に開発いただければと存じます。
ただし、楽天コミュニケーションズは接続の規制を行いませんが、保証・サポートも行いません。