留守番電話設定の「着信メール通知あり」は留守番電話になっても通知されるのですか？

はい、通知されます。
発信途中で留守番電話へ切り替った場合、発信者に対して以下のガイダンスが流れます。
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ただいま電話に出ることができません。
「ピー」という発信音の後にお名前とご用件をお話ください。ピー（音がなります）。
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＜ピー音が鳴る前に切断した場合＞
SMARTalk着信通知050xxxxxxxxから着信がありました。
着信日時：2012年12月12日 10:13:35S
IPアカウント：○○○○○○○○
＜ピー音が鳴った後に切断した場合＞
SMARTalkメッセージお預かり通知050xxxxxxxxから着信がありました。
着信日時：2012年12月12日 10:10:39
録音時間：1:00録音件数：8/10件
SIPアカウント：○○○○○○○○